Město Vodňany (dále jen město) je v souladu s ustanovením § 1 a § 2 zákona č. 128/2000 Sb., o obcích (obecní zřízení) ve znění pozdějších předpisů, (dále pouze „zákon“) základním územním samosprávným společenstvím občanů; je veřejnoprávní korporací vlastnící majetek. V právních vztazích vystupuje svým jménem a nese odpovědnost z těchto vztahů vyplývající, je tedy právnickou osobou ve smyslu § 20 zákona č. 89/2012 Sb., občanský zákoník, ve znění pozdějších předpisů. Město Vodňany nejen spravuje své záležitosti v samostatné působnosti (právo na samosprávu obce je garantováno Ústavou ČR), ale zároveň mu byl na základě zákona svěřen výkon státní správy (přenesené působnosti). Správu vlastních záležitosti a svěřenou státní správu vykonává obec Vodňany orgány, které si v souladu se zákonem zřídilo.
Jedním z těchto orgánů zajišťujících výkon státní správy a samosprávy je Městský úřad Vodňany, který ke dni 01.09.2015 čítá celkem 55 zaměstnanců zařazených do jednotlivých odborů úřadu, z nichž některé vykonávají funkci speciálního úřadu.( Na Městském úřadu Vodňany jsou zřízeny tyto odbory a útvary:
kancelář úřadu,
kancelář tajemnice
,
odbor dopravy a silničního hospodářství,
odbor správní a vnitřních věcí,
finanční odbor, odbor sociálních věcí, zdravotnictví a školství,
odbor správy majetku a investic, odbor výstavby a územního plánování, obecní živnostenský úřad, odbor životního prostředí,
útvar interního auditu).
Městský úřad Vodňany tvoří starosta, místostarosta a tajemnice, která je vedoucí úřadu. Hlavním posláním Městského úřadu Vodňany je plnění úkolů uložených mu zastupitelstvem obce nebo radou obce, také úkolů vyplývajících z jeho pomoci výborům a komisím v jejich činnosti (samostatná působnost) a dále výkon státní správy s výjimkou věcí, které patří do působnosti zastupitelstva obce, rady obce a zvláštních orgánů obce, případně komisí. Městský úřad Vodňany rovněž rozhoduje o poskytování informací žadateli podle zákona č. 106/1999 Sb., o svobodném přístupu k informacím, ve znění pozdějších předpisů a v neposlední řadě také organizačně a administrativně zabezpečuje činnost všech obecních orgánů.
Obec Vodňany je obcí s rozšířenou působností od 1.1.2003 a má vymezeno území obcí takto: Bavorov, Bílsko, Budyně, Číčenice, Drahonice, Hájek, Chelčice, Krajníčko, Krašlovice, Libějovice, Měkynec, Pivkovice, Pohorovice, Skočice, Stožice, Truskovice, Vodňany.
